Sau tám năm bị giam cầm, Isaakios II được đem ra từ chốn ngục tù để lên ngôi một lần nữa sau khi các quốc gia phương Tây tiến hành một cuộc Thập tự chinh thứ tư và Alexios III cùng đám tùy tùng trốn khỏi kinh thành. Những năm tháng tù đày đã làm suy nhược cả tâm trí và cơ thể của ông, và thái tử Alexios IV Angelos được đặt lên ngôi báu như một vị vua có năng lực trị quốc. Vì chịu ơn sâu nặng của Thập tự quân, Alexios IV khó lòng đáp ứng nổi bổn phận của mình và cũng do tính lưỡng lự của hoàng đế đã khiến ông mất đi sự ủng hộ của đồng minh Thập tự quân và thần dân của mình. Cuối tháng 1 năm 1204 viên đại thần có thế lực trong triều là Alexios Doukas Mourtzouphlos đã lợi dụng cuộc bạo loạn tại thủ đô để bắt giam Alexios IV và tiếm vị lấy hiệu là Alexios V. Ngay lúc Isaakios II qua đời, do có lẽ quá sốc trước sự việc như vậy, trong khi Alexios IV bị tân đế sai thủ hạ bóp cổ cho tới chết vào ngày 28 hoặc 29 tháng 1 năm 1204.